Gli studiosi ritengono che i primi insediamenti nell’area di Morgantina risalgano alla prima età del bronzo (2100 -1600 a.C.). Ritrovamenti attestano la presenza di un villaggio preistorico di capanne, sia circolari che rettangolari. Era posto in località “Terrazzi di San Francesco”, sul monte di Cittadella. Il villaggio faceva parte, sicuramente, della Cultura di Castelluccio, confluita, poi, nella successiva cultura di Thapsos. Queste iniziali forme di società si caratterizzavano per primitive forme di organizzazione sociale e iniziali abilità artigianali. L’area ebbe contatti con la contemporanea cultura micenea, comprovati da ritrovamenti di anfore e vasellame greco.

La vera storia di Morgantina ha inizio con l’arrivo dei Siculi in Sicilia, avvenuta a partire dal XIV secolo a.C. fino al XI secolo a.C. Questo popolo, proveniente dall’ Italia centrale, si insediò per lo più nella parte orientale dell’isola, ricacciando gli autoctoni verso occidente e al centro siciliano. La leggenda vuole che, nel X secolo a.C., un gruppo di siculi, detti Morgeti, capitanati da re Morges, fondò la città sull’area del monte di Cittadella. Le circostanti fertili pianure ne permisero una pacifica convivenza con le popolazioni locali, per almeno tre secoli. 
Sempre molto pacificamente, nel VIII secolo a.C., si registra l’arrivo a Morgantina di coloni greci calcidesi, risalenti lungo la valle del Simeto. In quel periodo, infatti, iniziò la colonizzazione greca sulle zone costiere con la fondazione delle relative polis. I calcidesi si integrarono con la stessa cultura degli autoctoni. Tant’ è che i riti sacri alla Dea Madre dei locali si trasformarono, con molta semplicità, in quelli delle loro divinità Demetra e Persefone.

Quando le città greche sulla costa si rafforzarono, i tiranni, che le guidavano, iniziarono ad allargare l’area del proprio dominio. Così, Morgantina venne conquistata e distrutta, una prima volta da Ippocrate, tiranno di Gela, e, una seconda, da Ducezio, nel 459 a.C. Nel gioco delle influenze politiche, Morgantina, con la sconfitta di Ducezio, nel 450 a.C., passò sotto il dominio di Siracusa, per poi essere ceduta alla polis di Camarina, nel 424 a.C. 
Nel 396 a.C., Dionisio I, nuovo tiranno di Siracusa, nell’ottica di rafforzare il proprio potere verso, soprattutto, le città dell’interno isolano, riconquistò Morgantina. Tuttavia, i Morgeti, per recuperare un minimo di autonomia, iniziarono il fatale gioco delle alleanze. Così vediamo la città aprire le porte all’esercito cartaginese, sotto la guida del generale Magone, nel 392 a.C., per poi, successivamente, inserirsi nella lotta scoppiata tra Dione (allievo di Platone), e suo nipote Dionisio II il giovane.

Morgantina vive un momento particolare verso il 340 a.C., quando si impadronisce del potere Timoleonte, che, sconfitto l’esercito punico e deposti diversi tiranni di altre polis, iniziò il proprio rafforzamento, anche sotto il profilo edilizio. Tra le decisioni di Timoleonte vi furono la rifondazione e lo spostamento della città più a valle, sul pianoro di Serra Orlando, rispettando la tipologia urbanistica greca a schema ortogonale. Realizzò anche una cinta muraria, un nuovo Santuario dedicato a Demetra e Persefone, un Ekklesiasterion e un Bouleterion.

La città,  conseguentemente, registrò un aumento della popolazione. 
Quando Agatocle mosse guerra a Siracusa, nel 317 a.C., conquistandone il potere, Morgantina, che lo aveva aiutato, inviandogli 1.200 soldati, vinse la propria scommessa. Iniziò per la città un periodo di sviluppo, pace e prosperità. Venne realizzata l’ Agorà cittadina. La popolazione crebbe raggiungendo i circa 10.000 abitanti. Era il III secolo a.C. e a regnare vi era Gerone II (275-215 a.C.).